ต่อมาทางวัดและผู้ที่มีความศรัทธาได้เริ่มก่อสร้างอุโบสถขึ้นเพื่อที่จะได้เป็นวัดที่สมบูรณ์ และถูกต้องตามพระธรรมวินัยตลอดถึงประเพณีนิยม และพระภิกษุที่อยู่จำพรรษาได้มีสถานที่สำหรับทำสังฆกรรม โดยที่ไม่ต้องไปอาศัยอุโบสถของวัดปากน้ำชุมพรซึ่งอยู่ห่างออกไปถึง ๗ กิโลเมตร โดยได้รับการประทานอนุญาตจาก หม่อมเจ้ารุจยากร อาภากร พระโอรสองค์สุดท้าย ให้ใช้ชื่ออุโบสถว่า อุโบสถ "อาภากร" เพื่อเป็นการเทิดพระเกียรติและเป็นศาสนานุสรณ์แด่พลเรือเอกพระเจ้าบรมวงศ์เธอพระองค์เจ้าอาภากรเกียรติวงศ์กรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์

   อุโบสถ อาภากร นี้เป็นอุโบสถแบบจตุรมุข สามลด มีมณฎปกลาง ได้ทำพิธีวางศิลาฤกษ์เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๓๗ ซึ่งได้ทำการก่อสร้างไปเพียงส่วนฐานล่างเท่านั้น ก็ได้มีปัญหาเศรษฐกิจในยุค ไอ เอ็ม เอฟ การก่อสร้างอุโบสถจึงต้องหยุดไปด้วย มาเริ่มทำการก่อสร้างกันใหม่อีกครั้งหนึ่งในปี พ.ศ. ๒๕๔๕ โดยได้รับความอนุเคราะห์ช่วยเหลือในการจัดหาทุนจากทางกองทัพเรือ และราชสกุลอาภากร โดยการจัดสร้างพระรูปและวัตถุมงคลรุ่นสร้างอุโบสถ อาภากร ขึ้นมาเพื่อมอบให้แก่ผู้ที่ร่วมบริจาคและได้เปิดให้ผู้ที่มีความศรัทธาในพระบารมีของ พลเรือเอกพระเจ้าบรมวงศ์เธอกรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ได้บูชา
 

   ในการจัดสร้างพระรูปและวัตถุมงคลในครั้งนั้นก็ได้ทุนทรัพย์มาจำนวนหนึ่ง จึงได้เริ่มสร้างอุโบสถต่อจนขึ้นเสา เทฝ้าเพดานภายในอุโบสถ และหน้ามุขทั้งสี่ด้าน ทุนทรัพย์ที่ได้จากการให้เช่าบูชาวัตถุมงคลก็หมด การก่อสร้างจึงต้องหยุดไปอีก ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๔๙ ทางกองบัญชาการทหารสูงสุด,กรมประมง,ราชสกุลอาภากร และจังหวัดชุมพรได้ร่วมกันทอดกฐินสามัคคีขึ้น และได้บอกบุญไปยังผู้ที่มีความเคารพศรัทธาในพระบารมีของ พลเรือเอกพระเจ้าบรมวงศ์เธอกรมหลวงชุมพรเตอุดมศักดิ์ ในครั้งนี้ก็ได้ทุนทรัพย์มาดำเนินการก่อสร้างต่อจนได้ขึ้นหน้าบันและโครงสร้างของหลังคา ฐานบุษบกทิพย์ แต่การก่อสร้างอุโบสถครั้งนี้ยังต้องใช้ทุนทรัพย์เป็นจำนวนมากเงินที่ได้จากการทอดกฐิน และผ้าป่าสามัคคีวันที่ ๑๙ ธันวาคม ๒๕๔๙ ก็ยังไม่เพียงพอต่อการที่จะสร้างอุโบสถให้แล้วเสร็จได้ ยังคงต้องอาศัยแรงศรัทธาจากพุทธศาสนิกชนในการที่จะช่วยเหลือกันในการสร้างอุโบสถในครั้งนี้ให้แล้วเสร็จเป็นที่สมพระเกียรติและพระนาม ต่อไป